você provavelmente alterou as permissões no diretório (ou em um de seus pais) em que o servidor da Web está procurando .htaccess, para que o servidor da Web não possa mais verificar se há um arquivo .htaccess.
primeiro corrija as permissões no diretório (precisa ser rx pelo processo do servidor da web, portanto 755 ou 775, dependendo se você deseja que o dir seja gravável em grupo ou não). Observe que você deve certificar-se de que as permissões de todos os diretórios-pai de backup na raiz do sistema de arquivos (ou seja /) sejam rx pelo servidor da web.
e então, se você não estiver realmente usando arquivos .htaccess e não pretender usá-los no futuro (ou seja, você pretende colocar toda a sua configuração em httpd.conf / apache.conf), desative os arquivos htaccess na configuração do apache.
há uma pequena penalidade de desempenho para verificar a existência, a leitura e a análise de arquivos .htaccess no diretório atual e em todos os diretórios-pai de volta à raiz do documento. é muito pequeno, mas aumenta quando há muitos pedidos.