Um certificado pode conter uma extensão especial de acesso a informações da autoridade ( RFC-3280 ) com URL para o certificado do emissor. A maioria dos navegadores pode usar a extensão AIA para baixar o certificado intermediário ausente e concluir a cadeia de certificados. Porém, alguns clientes (navegadores móveis, OpenSSL) não suportam essa extensão e relatam esse certificado como não confiável.
Você pode resolver o problema incompleto da cadeia de certificados manualmente, concatenando todos os certificados do certificado para o certificado raiz confiável (exclusivo, nesta ordem), para evitar esses problemas. Observe que o certificado raiz confiável não deve estar lá, pois já está incluído no armazenamento de certificados raiz do sistema.
Você deve conseguir certificados intermediários do emissor e concatená-los por si mesmo. Eu escrevi um script para automatizar o procedimento, ele faz um loop na extensão AIA para produzir a saída de certificados encadeados corretamente. https://github.com/zakjan/cert-chain-resolver