Se você colocar a chave privada no controle de origem, qualquer pessoa que tenha acesso a ela poderá se passar por seu servidor. Se o seu servidor da Web não estiver usando o PFS (perfeito sigilo de encaminhamento), também será possível descriptografar qualquer tráfego SSL capturado com ferramentas de código aberto comumente disponíveis, como o Wireshark.
Você pode proteger a chave criptografando-a com DES ou AES com uma senha usando o OpenSSL. O OpenSSL está disponível para Linux, OSX e Windows.
O OpenSSL também pode remover a senha quando uma senha é inconveniente (por exemplo, em um servidor da Web que é iniciado automaticamente, mas não suporta a entrada automática de senhas).
Adicionando uma senha usando a criptografia AES (mais segura que o DES): -
openssl rsa -aes256 -in private.key -out encrypted.private.key
Removendo uma senha (você será solicitado a senha): -
openssl rsa -in encrypted.private.key -out decrypted.private.key