Depende se existe um repositório git ou subversão disponível publicamente. Nesse caso, provavelmente faz sentido usar o git para criar um ramo do repositório oficial.
Na falta disso, com alguma sorte, o pacote usa algo como dpatch ou quilt, então você pode apenas manter um patch no debian / patches /.
Se você tiver realmente azar, precisará lidar com a atualização do seu patch toda vez que um novo pacote for lançado manualmente. De qualquer maneira, pode valer a pena usar o git para isso e importar todas as novas compilações.
Ao compilar pacotes debian, verifique se você possui os pacotes build-essential e devscripts instalados.
Para realmente fazer a alteração, execute
# apt-get source foo
Em seguida, mude para o diretório foo-1.2.3 e faça as alterações.
Então corra
# debuild -us -uc -b
o que criará o pacote. Isso criará imediatamente ou informará as dependências que você precisa instalar primeiro antes de tentar novamente. Os pacotes de compilação terminarão no diretório acima da fonte.
Eu recomendo alterar o número da versão do pacote no arquivo debian / changelog, para que você não confunda o pacote construído localmente com o original. Você pode olhar para a ferramenta dch para facilitar a edição deste arquivo.