A desduplicação funciona.
Com a desduplicação, o tamanho no campo do disco fica sem sentido. Os arquivos não são mais "arquivos" comuns, mas pontos de nova análise e não contêm dados reais, mas metadados para o mecanismo de desduplicação reconstruir o arquivo. É meu entendimento que você não pode obter economia por arquivo, pois o armazenamento de fragmentos de desduplicação é por volume, portanto, você só obtém economia por volume.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh769303(v=vs.85).aspx
Talvez seu trabalho de desduplicação ainda não tenha sido concluído, se alguns outros dados ainda não foram desduplicados. Não é super rápido, tem um tempo limitado por padrão e pode ter recursos limitados, dependendo do seu hardware. Verifique o agendamento de desduplicação no Gerenciador do Servidor.
Implantei a desduplicação em vários sistemas (Windows 2012 R2) em diferentes cenários (SCCM DP, diferentes sistemas de implantação, servidores de arquivos genéricos, servidores de arquivos da pasta base do usuário etc.) há cerca de um ano. Apenas verifique se você está totalmente corrigido. Lembro-me de vários patches para desduplicar a funcionalidade (atualizações cumulativas e hotfixes) desde o RTM.
No entanto, existem alguns problemas em que alguns sistemas não conseguem ler dados diretamente de arquivos otimizados no sistema local (IIS, SCCM em alguns cenários). Conforme sugerido por yagmoth555, você deve tentar Expand-DedupFile para des otimizá-lo ou apenas fazer uma cópia do arquivo (o arquivo de destino não será otimizado até a próxima otimização executada) e tente novamente.
http://blogs.technet.com/b/configmgrteam/archive/2014/02/18/configuration-manager-distribution-points-and-windows-server-2012-data-deduplication.aspx
https: //kickthatcomputer.wordpress .com / 2013/12/22 / arquivo-de-entrada-especificado-windows-server-2012-dedupe-on-iis-com-php /
Se o seu backup do SQL estiver realmente corrompido, acredito que seja devido a um problema diferente e não à tecnologia de deduplicação.