Recentemente, deparei com esta discussão no Google e parece que o cenário mudou um pouco desde que a pergunta foi feita. A maioria das soluções sugeridas aqui não é mais mantida ou se tornou comercial.
Após algumas frustrações ao trabalhar com o FUSE e algumas das outras soluções disponíveis, decidi escrever meu próprio "clone" de linha de comando rsync para S3 e Google Storage usando Python.
Você pode conferir o projeto no GitHub: http://github.com/seedifferently/boto_rsync
Outro projeto que eu tive conhecimento recentemente é a "duplicidade". Parece um pouco mais elaborado e pode ser encontrado aqui: http://duplicity.nongnu.org/
Espero que isto ajude.
ATUALIZAR
A equipe de Python da AWS está trabalhando duro em um projeto CLI baseado em boto para seus serviços em nuvem. Entre as ferramentas incluídas, há uma interface para o S3, que duplica (e sob muitos aspectos substitui) a maioria das funcionalidades fornecidas pelo boto-rsync:
https://github.com/aws/aws-cli
Em particular, o sync
comando pode ser configurado para funcionar quase exatamente como o rsync:
http://docs.aws.amazon.com/cli/latest/reference/s3/sync.html