As respostas de Matthew Ife e shodanshok cobrem os problemas em geral, mas quero abordar sua preocupação específica colocando os problemas em contexto, pois são exatamente esses tipos de sistemas que eu gerencio.
Minha versão atual para a implantação de aplicativos Web PHP / MySQL é:
Primeiro, vamos considerar por que escolhemos uma determinada distribuição ou conjunto de pacotes. Valorizamos a estabilidade sobre os recursos mais recentes ou valorizamos os recursos mais recentes sobre a estabilidade. Geralmente, não é possível ter os dois na mesma distribuição, pois o software de estabilização requer tempo para corrigir bugs, e a adição de novos recursos introduz bugs, portanto, instabilidade.
Como regra geral, quero que o sistema operacional no qual o aplicativo seja executado seja o mais estável possível, mas com um conjunto de recursos razoavelmente moderno. Portanto, escolherei o CentOS 7 em vez do CentOS 6, que já é bastante antigo e, embora funcione , não resta tanto tempo no ciclo de vida de suporte, portanto não o utilizarei em um novo projeto .
No entanto, deparei-me com o problema de que a versão do nginx incluída no CentOS era muito antiga e não tinha alguns recursos necessários e correções de bugs. Assim, procurei pacotes alternativos e descobri que o nginx.org distribui os seus próprios. Mudei para eles quase imediatamente e os encontrei perfeitamente estáveis a longo prazo.
Depois, há PHP. Sei pela história que a versão do PHP enviada com o CentOS será a única versão que já obteve e receberá apenas atualizações de segurança; sem novos recursos ou correções de bugs. Assim, uma vez que o suporte está fora do suporte, eu acabarei incapaz de executar aplicativos da Web PHP modernos se eu usar esses pacotes. Portanto, é necessário substituí-los também.
Por experiência longa, aprendi que é melhor rastrear lançamentos de correções de bugs com PHP, não simplesmente congelar em um ponto e fazer apenas correções de segurança, pois os aplicativos da web que eu executo também serão atualizados e precisarão dessas correções. Então, depois de avaliar muitos conjuntos diferentes de pacotes PHP, decidi pelos pacakges de remi. Remi passa a ser um funcionário da Red Hat e também é responsável pelos pacotes PHP no RHEL / CentOS. Então eu sei que os pacotes dele serão de alta qualidade e foram. Eles são substitutos para os pacotes do sistema e funcionam perfeitamente.
Finalmente chegamos ao MariaDB. Você pode optar por manter os pacotes do sistema aqui e não sofrer efeitos negativos. Optei por mudar para os pacotes 10.0 do MariaDB (e em breve chegarei à 10.1) para aproveitar o TokuDB e alguns outros aprimoramentos de desempenho não disponíveis na versão 5.5 fornecida com o CentOS, e que nunca receberá grandes atualizações.
No geral, você precisa de estabilidade em seu sistema básico, mas os aplicativos da Web mudam muito mais rapidamente do que, digamos, o software da linha de negócios, e seu servidor precisará acompanhá-lo. Portanto, escolhi pontos direcionados nos quais a atualização de pacotes obterá benefícios claros com pouca sobrecarga administrativa adicional (também conhecida como trabalho).
/usr/local
ou semelhante.