Na verdade, o NTFS não é tão sensível à fragmentação. O NTFS é significativamente melhor que o FAT32 - em todos os aspectos - e é um sistema de arquivos totalmente moderno.
Estou executando o Linux em casa desde 1996 e nunca desfragmentou nenhum sistema de arquivos. Eu nunca tive a necessidade. O máximo que fiz nessa direção foi prestar atenção ao tipo de arquivos que colocarei em um sistema de arquivos e usar as opções apropriadas quando eu mkfs. Por exemplo, se um sistema de arquivos contiver principalmente arquivos grandes, usarei um tamanho de bloco maior. Se estou criando um sistema de arquivos enorme , mas sei que nunca terá mais de 1.000.000 de arquivos, usarei a -N 1000000opção para limitar o número de inodes. Em geral, ajustarei o sistema de arquivos na criação para sua tarefa se um tipo específico de arquivo o habitar.