Não tenho certeza de que tipo de solução você está esperando. Você provavelmente conhece os trabalhos cron, mas eu não atualizaria os sistemas às cegas, pois são necessárias intervenções humanas (e é por isso que eles pagam para você fazer isso, certo?)
Se você tivesse sistemas completamente idênticos, poderia considerar o uso de algo como o rsync para trazer as diferenças, mas descobrir quais arquivos não são para o rsync pode ser difícil, e eu não faria isso enquanto os serviços estão em execução. Pelo menos os scripts de atualização são configurados para gerenciar a reinicialização dos serviços e a mesclagem nas diferenças do arquivo de configuração.
Talvez se você explicar qual é o problema com os comandos apt-get, poderemos ver o que você deseja evitar.
Se o problema for largura de banda e tempo para fazer o download, talvez você deva configurar uma caixa para atuar como seu repositório Debian local. Existem guias Debian sobre como fazer isso.
Aqui estão algumas dicas sobre como minimizar o número de coisas que você precisa atualizar.
Ao instalar o Debian, não instale o Desktop, a menos que você realmente precise usar o X nesse console. A maioria dos servidores não precisa do X instalado. Isso pode diminuir significativamente o número de pacotes no sistema e, portanto, você não precisa atualizar tantos pacotes.
Verifique se o sources.list está incluindo apenas os repositórios que você realmente precisa. Se você já experimentou algum repositório e esqueceu disso, pode estar trazendo atualizações que não precisa ou não deseja.
Se você tiver problemas ao fazer atualizações às cegas em um servidor de produção, tenha cuidado em consultar os guias de atualização do Debian quando houver uma grande atualização (4.0 a 5.0). Eles passarão muito bem se você seguir as instruções de atualização. Não é tão fácil quanto executar o apt-get dist-upgrade e ir embora. Às vezes, nas instruções, existem dicas sobre quando executar o aptitude em vez do apt-get - existem pequenas diferenças nelas.