Respostas:
Não se trata apenas da legibilidade humana, há muitos motivos programáticos para separar aplicativos de 32 bits de 64 bits. Considere a pasta "Arquivos comuns". Se você tiver um aplicativo de 32 bits e um aplicativo de 64 bits que usem a pasta Arquivos comuns para um arquivo com o mesmo nome, processará o que foi instalado primeiro. Também há diferenças na maneira como o Windows apresenta essas pastas para os aplicativos, embora eu não esteja familiarizado o suficiente com eles para explicá-los bem.
Finalmente, esta é a primeira de muitas etapas na migração para aplicativos de 64 bits universalmente nativos. A apresentação das pastas de maneira diferente mantém a distinção visível para desenvolvedores e usuários, e os "Arquivos de Programas (x86)" de 32 bits são os mais estranhos.
Como você escreveu na sua pergunta, essas pastas são distintos diretórios de configuração padrão para aplicativos de 32 bits e 64 bits.
Uma instalação híbrida interessante é o SQL Server 2005: se você instalar instalar a versão de 64 bits, os principais arquivos do mecanismo SQL serão copiados na pasta Arquivos de Programa, as ferramentas, que são apenas de 32 bits, serão instaladas nos "Arquivos de Programa (x86) "
Você mencionou o motivo: para distinguir arquivos de programa de 32 bits dos arquivos de programa de 64 bits. Quando você executa um programa de 32 bits em uma instalação do Windows de 64 bits, o Windows redireciona solicitações de pasta desse programa para% ProgramFiles% [C: \ Arquivos de Programas na versão em inglês] para a alternativa x86 [C: \ Program Files x86)]. Devido a esse redirecionamento silencioso, os programas de 64 e 32 bits podem coexistir sem interferir entre si. (Por exemplo, o Windows de 64 bits inclui as versões de 64 e 32 bits do Internet Explorer.) O Windows também executa redirecionamentos semelhantes para seus próprios arquivos e chaves do Registro.