Como Tim disse no comentário, o UFW é o frontend do iptables, então você deve realmente comparar os recursos do iptables com o Amazon Security Groups.
Para mim, a principal vantagem da SG é a integração à infraestrutura da AWS. Ele permite que você construa uma pilha inteira usando o Amazon CloudFormation, obtenha detalhes sobre portas / endereços abertos / fechados via API, etc. Desvantagens - é bloqueado pelo fornecedor, o que significa que você precisará refazer tudo se decidir mudar de provedor de hospedagem.
Primeiro, verifique os limites do Amazon VPC . Se sua contagem de regras estiver dentro dos limites e seu caso não exigir nada de especial, como o NAT implementado pelo iptables, é suficiente usar apenas o Amazon SG e deixar o UFW aberto. Você também pode verificar esta pergunta para obter mais detalhes:
Por que grupos de segurança e iptables no Amazon EC2?