Embora eu não tenha reputação suficiente para comentar a resposta mais votada a essa pergunta, gostaria de afirmar que não está exatamente correto. Eu sei disso porque não importa qual solução alternativa tentei neste post, nada realmente funcionou.
O artigo kb vinculado a essa resposta na verdade afirma que:
No entanto, observe que as modificações nas variáveis de ambiente não resultam em alterações imediatas. Por exemplo, se você iniciar outro prompt de comando após fazer as alterações, as variáveis de ambiente refletirão os valores anteriores (não os atuais). As alterações não surtirão efeito até você fazer logoff e logon novamente.
A parte sobre as variáveis de ambiente que foram redefinidas para os valores anteriores após recarregar o prompt de comando é exatamente o que experimentei no Windows Server 2008.
O artigo continua dizendo:
Para efetuar essas alterações sem precisar fazer logoff, transmita uma mensagem WM_SETTINGCHANGE para todas as janelas do sistema, para que qualquer aplicativo interessado (como Windows Explorer, Gerenciador de Programas, Gerenciador de Tarefas, Painel de Controle etc.) possa executar uma atualização.
Isso não implica que o Explorer transmita uma mensagem WM_SETTINGCHANGE depois de alterar as variáveis de ambiente do sistema ou que realmente funcione. Não tenho certeza de como você faria o que é sugerido no artigo da KB (para propagar as alterações imediatamente) no prompt de comando.