Há configurações de diretiva de grupo em Configuração do Computador \ Modelos Administrativos \ Componentes do Windows \ Serviços de Terminal \ Sessões sobre quanto tempo você pode permanecer conectado.
Alguns detalhes em http://www.windowsnetworking.com/articles_tutorials/Terminal-Services-Group-Policy.html
Lembre-se de que essas configurações estão no nível do computador, não no nível do usuário; portanto, isso se aplicará a qualquer pessoa que se conectar aos servidores aos quais você o aplica.
Se você prefere manter os outros com o comportamento atual (e até a si mesmo, a menos que precise especificamente executar operações mais longas), você pode deixá-lo como está, mas quando precisar executar algo a longo prazo, conecte-se à sessão do console do servidor.
Dependendo da sua versão do cliente RDP, é / console ou / admin ao conectar, execute mstsc /? para ver qual deles para você.
Por exemplo: mstsc /v:192.168.1.1 / admin
Isso o conectará à sessão do console da máquina em 192.168.1.1.
A sessão do console é a que você veria quando estivesse fisicamente na máquina com teclado, vídeo e mouse. Se você estiver desconectado desta sessão, suas operações continuarão sendo executadas e você poderá reconectar-se a ela.