Parece que você tem tudo coberto. A única outra dica é talvez levar um pouco mais devagar do que uma atualização por atacado cega. Você sempre pode atualizar os pacotes ou cadeias de dependência individualmente com, em emerge -DNuav <atom>
vez de world
(use --oneshot para itens que não deseja adicionar ao arquivo mundial, como bibliotecas do sistema, por exemplo).
Observe que é sempre mais fácil fazer isso se você se mantém atualizado regularmente, em vez de procurar atualizações em lote monolíticas a cada dois meses. Além disso, para evitar muitas surpresas, talvez seja útil se inscrever em uma das listas de discussão como gentoo-user
(AVISO: ~ 100 e-mails por dia nesta lista), pois praticamente todos os principais problemas de atualização aparecerão na lista com muita discussão explicando como resolvê-los.
Eu acho que a próxima grande atualização do "problema" será a migração para o openrc assim que estiver estável (foi realizada no meio do ano passado com apenas alguns problemas, principalmente com alterações na rede).