Estou usando o grub4dos para dual boot XP e XP64. Ambos os sistemas estão em sistemas de arquivos NTFS.
A instalação foi simples: copiei a pasta grub4dos no meu sistema de arquivos NTFS. Renomeou o carregador de inicialização do Windows "ntldr" para fora do caminho e copiou o carregador de inicialização do grub4dos "grldr" para "ntldr". Dessa forma, ainda estou usando um MBR padrão da Microsoft, que faz feliz meu antivírus corporativo necessário.
Este método também mantém minhas partições independentes. Posso despejar uma partição em uma unidade externa e carregar um sistema operacional diferente no local. Eu mantenho as imagens Vista32, XP32, Vista64 e XP64 na minha unidade externa. Em cerca de 1,5 horas, posso carregar qualquer uma dessas imagens em qualquer uma das minhas duas partições de laptop e estar pronto para continuar sem mexer nas configurações de inicialização.
Edit: Mais uma dica. Quando você instala o Windows, defina o bit oculto em todas as partições, exceto aquela na qual você está instalando o Windows. O instalador da janela substituirá a sequência de inicialização na partição inicializável e você perderá a independência da partição.