Uma FFT relata os picos ou picos de frequência do espectro (quantizados pelo tamanho do compartimento da FFT), que é diferente do tom musical. É possível que a frequência de afinação percebida esteja completamente ausente de um espectro de FFT.
Alguns dos afinadores de guitarra mais simples usavam filtro passa-baixo ou passa-banda e mediam o tempo entre cruzamentos de zero. O recíproco fornece uma estimativa de frequência.
A autocorrelação é outro método comum de estimativa de afinação; e correlação deslizante ou outras medidas de auto-similaridade têm muitas variações, como ASDF deslizante (diferença ao quadrado), AMDF (diferença média), correspondências de padrões não lineares, verificação adaptativa apenas para uma faixa limitada de defasagens, interpolação de defasagem, janelas e seleção de janela adaptável, várias ponderações ou uso da teoria da decisão para selecionar entre várias sequências potenciais de histórico de atraso e etc. Um problema com a maioria das medidas de auto-similaridade é escolher a oitava apropriada, pois uma sub-oitava pode mostrar quase a mesma semelhança.
Outras possibilidades incluem o uso de PLLs, demoduladores de quadratura filtrados, transformações de Hilbert filtradas e etc.
Mas observe que alguns métodos de filtragem e desmodulação do DSP são computacionalmente equivalentes a fazer 1 bin de uma DFT com janela, que pode ou não ser a resposta para sua pergunta.