Se você estava fazendo um grande tamanho reduzido (por exemplo, 2x, 3x, 4x), pode fazer a média dos pixels para obter um bom anti-aliasing. É por isso que o anti-aliasing usa muito CPU / GPU para tornar os videogames mais nítidos.
Como você está passando de uma imagem de 1000 x 1000 para uma de 707 x 707 (apenas um exemplo para o fator de escala), está correto que o alias pode ser um problema.
Felizmente, esse é um problema com o qual muitas pessoas já se depararam e fizeram bastante trabalho para resolver. Em muitos casos, uma interpolação bicúbica é o caminho a percorrer. Existem alguns exemplos de como são os diferentes métodos de interpolação aqui:
http://www.compuphase.com/graphic/scale.htm
O redimensionamento do OpenCV possui vários desses métodos integrados:
http://opencv.willowgarage.com/documentation/cpp/geometric_image_transformations.html#cv-resize
Se você já brincou com vários desses métodos de interpolação e eles não funcionam bem, publique algum tipo de imagem de origem de amostra e imagem de resultado de amostra mostrando o déficit. Precisamos disso para diagnosticar o problema e tentar encontrar uma boa solução para ele.