Eu sou um biólogo com muito pouca experiência com processamento de imagem, mas tenho conhecimento suficiente do MATLAB e tenho a caixa de ferramentas de processamento de imagem. Idealmente, estou procurando uma solução baseada em MATLAB, mas uma abordagem que descreve como fazê-lo também seria útil.
Atualização (28 de novembro de 2011)
Parece que existem certos problemas (como sobreposições no sinal e definição de cor) ao usar imagens compostas (que é o que apresentei na pergunta inicial). Estou anexando imagens separadas dos 2 canais: verde 
e vermelho 
(as regiões turquesas na imagem composta podem ser ignoradas) e a imagem de coposite 
. O canal vermelho é ruim por 2 razões: 1. Possui um contraste ruim devido ao fundo mais alto, 2. Como o vermelho parece sangrar no verde no nível do fundo.
Um recurso é definido como uma região na imagem composta que possui Verde-Vermelho-Turquesa-Vermelho-Verde ou equivalentemente os 2 segmentos lineares adjacentes no verde e no vermelho que são colineares e contagiosos.
Espero que olhar para as imagens dos dois canais separados facilite a identificação dos recursos.
Eu tenho as seguintes sugestões para o algoritmo:
Primeiro, identifique segmentos verdes co-lineares (e determine os comprimentos dos segmentos verdes)
Determine se existem segmentos contagiosos e colineares adjacentes voltados um para o outro (ou seja, verde-> vermelho-> <-ver <-verde) no canal vermelho. Se sim, defina o comprimento do segmento vermelho do ponto em que os segmentos verdes terminam (porque eles se sobrepõem aos segmentos verdes) até o ponto no segmento vermelho mais próximo do outro segmento vermelho do recurso. (ou seja, uma das extremidades do segmento vermelho é definida para o final do segmento verde sobreposto).
Muito Obrigado!
Antecedentes :
Minha pergunta está relacionada à extração do recurso de uma imagem:
A imagem original (tif) está localizada aqui:
Exemplo de imagem 1 (dropbox)
Esta imagem é composta por 3 canais (em formato tif): vermelho, verde e turquesa. As fibras de cor turquesa simplesmente marcam todo o DNA que temos na lamela. O recurso de interesse é o recurso Verde-Vermelho - turquesa - Vermelho-Verde na única cadeia de DNA que fica no meio da imagem.
Vermelho é geralmente o mais barulhento. Este exemplo é bom porque o contraste é bom. No entanto, às vezes as imagens não são tão agradáveis e há matiz em toda a imagem, portanto, codificar um valor RGB específico para as cores verde e vermelho pode não funcionar em todas as imagens. Além disso, observe que as fibras não são necessariamente horizontais; elas podem ser giradas (mas nunca na vertical).
Por favor, veja esta imagem para um exemplo:
A imagem original (tif) está localizada aqui:
Exemplo de imagem 2 (dropbox)
Além disso, às vezes uma única imagem tem muitos desses recursos e, às vezes, há vários recursos na mesma fita de DNA. Finalmente, às vezes, pode haver apenas características parciais (ou seja, verde isolado ou vermelho isolado ou segmentos verde-vermelho isolados, mas não emparelhados).
Questão:
Ficaria muito grato se alguém puder me ajudar a obter os comprimentos dos segmentos individuais dos segmentos verde e vermelho, ou seja, como o recurso de interesse é Verde-Vermelho - turquesa - Vermelho-Verde, cada recurso terá uma matriz de 5 valores (comprimento do primeiro segmento verde, comprimento do primeiro segmento vermelho, comprimento do segmento turquesa, comprimento do segundo segmento vermelho e comprimento do segundo segmento verde).
