Eu sugiro que você leia este artigo, o que eu acho que explica muito bem por que estender objetos é uma má idéia, com relação ao Prototype também.
Em suma:
Falta de especificação
A exposição de "objetos protótipos" não faz parte de nenhuma especificação. [...] Para que a implementação esteja totalmente em conformidade com o DOM Nível 2, não há necessidade de expor esses objetos globais de Nó, Elemento, HTMLElement etc.
Objetos host não têm regras
Objetos DOM são objetos [...] host Os objetos host podem implementar esses métodos internos com qualquer comportamento dependente da implementação, ou pode ser que um objeto host implemente apenas alguns métodos internos e não outros.
[...] o comportamento dos métodos internos depende da implementação. [...] Por definição, você está trabalhando com algo que pode se comportar de maneira imprevisível e completamente errática.
Possibilidade de colisões
Dada a enorme quantidade de ambientes em uso atualmente, torna-se impossível saber se determinada propriedade ainda não faz parte de algum DOM. [...]
Todo controle de formulário nomeado sombreia as propriedades herdadas pela cadeia de protótipos. A chance de colisões e erros inesperados nos elementos do formulário é ainda maior.
Empregar algum tipo de estratégia de prefixo pode aliviar o problema. Mas provavelmente também trará ruído extra.
Sobrecarga de desempenho
[...] navegadores que não suportam extensões de elementos - como IE 6, 7, Safari 2.x etc. - requerem extensão manual de objetos. O problema é que a extensão manual é lenta, inconveniente e não é escalável.
[...] depois que você começa a estender elementos, a API da biblioteca provavelmente precisa retornar elementos estendidos em todos os lugares. Como resultado, métodos de consulta como $$ podem acabar estendendo todos os elementos de uma consulta.
IE DOM está uma bagunça
Como mostrado na seção anterior, a extensão manual do DOM está uma bagunça. Mas a extensão manual do DOM no IE é ainda pior [...]
Bônus: bugs no navegador
for(var ... in ...)
loops ficam confusos, pois as funções do protótipo também são passadas.