Recentemente, deixei um emprego em circunstâncias semelhantes a você (eu não era o único desenvolvedor, mas realmente éramos apenas dois de nós, então eu tinha bastante conhecimento que o outro cara não tinha (e vice-versa, claro)).
Em termos de documentação normal, é importante documentar uma visão geral de todo o sistema. Os componentes individuais já estão documentados no código, mas a interação entre os componentes e por que isso faz isso ou por que isso precisa falar com esse componente é importante e nem sempre é fácil de descobrir apenas depurando / observando o código.
Então, cerca de um mês antes de eu sair, toda vez que fazia algo que só eu podia fazer, escrevia exatamente o que havia acontecido, o que tinha que fazer e por quê. Este era geralmente um caso de "havia um bug no componente xyz; para corrigi-lo, eu sabia procurar no arquivo abc por causa do X, então eu tinha que fazer isso, isso e aquilo".
Claro, deixei meu endereço de e-mail e número de telefone para o caso de surgir algo que eles não conseguissem descobrir por conta própria. Recebi algumas ligações nas primeiras semanas, mas elas foram interrompidas lentamente.