A idéia do VERSION CONTROL (nome impróprio: controle de origem) é permitir que você reverta o histórico, recupere o efeito das mudanças, veja as mudanças e por que as fez. Essa é uma variedade de requisitos, alguns dos quais precisam de coisas binárias, outros não.
Exemplo: Para o trabalho de firmware incorporado, você normalmente terá uma cadeia de ferramentas completa: um compilador proprietário que custa muito dinheiro ou alguma versão do gcc. Para obter o executável da remessa, você precisa da cadeia de ferramentas e da fonte.
Verificar as cadeias de ferramentas no controle de versão é uma tarefa difícil, os utilitários diff são horríveis (se houver), mas não há alternativa. Se você deseja que a cadeia de ferramentas seja preservada para o cara que procura seu código em cinco anos para descobrir o que faz, então não tem escolha: você DEVE ter a cadeia de ferramentas sob controle de versão também.
Ao longo dos anos, descobri que o método mais simples de fazer isso é criar uma imagem ZIP ou ISO do CD de instalação e fazer check-in. O comentário do check-in precisa ser o número da versão específica do fabricante da cadeia de ferramentas. Se gcc ou similar, agrupe tudo o que você está usando em um grande ZIP e faça o mesmo.
O caso mais extremo que eu já fiz foi o Windows XP Embedded, em que a "cadeia de ferramentas" é uma VM do Windows XP em execução, que incluía (naquela época) o SQL Server e uma pilha de arquivos de configuração, juntamente com centenas e centenas de arquivos de correção. Instalar o lote inteiro e atualizá-lo costumava levar cerca de 2-3 dias. Preservar isso para a posteridade significava verificar a VM INTEIRA no controle de versão. Visto que o disco virtual era composto por imagens de cerca de 6 x 2 GB, ele realmente foi muito bem. Parece exagerado, mas tornou a vida muito fácil para a pessoa que veio atrás de mim e precisou usá-la - cinco anos depois.
Resumo: O controle de versão é uma ferramenta. Use-o para ser eficaz, não se prenda a coisas como o significado das palavras e não o chame de "controle de origem" porque é maior que isso.