Você não precisa colocar um cabeçalho GPL na fonte - não precisa fazer nada. Embora um aviso de direitos autorais de seu nome e data no arquivo seja útil e possa ser necessário em algumas áreas.
Eu provavelmente incluiria seu nome / email / site no cabeçalho e uma observação dizendo "consulte termos do licence.txt", para que você não precise se preocupar em ter arquivos de origem diferentes para a GPL / Commercial.
A GPL é uma licença de distribuição. Quando você distribui uma cópia do seu projeto na GPL, inclui o arquivo de texto GPL (e disponibiliza a fonte). Ao distribuí-lo, você inclui o arquivo de licença comercial que desejar.
A única complexidade é se você aceita correções dos usuários da GPL - eles são proprietários dessas correções e você só pode distribuí-las sob a GPL. A menos que você consiga que os autores atribuam os direitos autorais a você.