Minha experiência pessoal é que o .NET é dominante no desenvolvimento interno da empresa. A maioria desses aplicativos não é criada para consumo público e, portanto, não faz parte do nosso vocabulário cotidiano.
Ainda assim, há uma razão muito convincente para que tantas grandes empresas tenham adotado essas tecnologias: produtividade e felicidade do programador. O C # é uma linguagem de programação maravilhosa e produtiva e o ecossistema .NET é rico em bibliotecas existentes para nos manter tendo que reinventar rodas. Além disso, o WCF, embora às vezes surpreendentemente complicado, é uma estrutura muito poderosa para criar comunicações entre diferentes sistemas.
Em relação à sua circunstância específica, eu apenas realizaria a portabilidade do seu aplicativo se você fizer muitos aprimoramentos e alterações no futuro. Se estiver estável e no modo de manutenção, você se arrependerá de qualquer decisão, além de deixá-la como está.