Que tal algo como Sphinx ?
Você escreve sua documentação em reStructuredText (a sintaxe é semelhante ao Markdown, que o Stack Overflow usa) em arquivos de texto sem formatação (= fácil de controlar a versão) e o Sphinx cospe páginas HTML.
Os dois usuários mais importantes do Sphinx (que eu conheço) são a linguagem Python e o TortoiseHG (consulte os links para a documentação gerada pelo Sphinx).
EDITAR:
Acabei de ler que você está falando sobre a documentação interna do projeto, e não a documentação do usuário final.
Na minha opinião, algo como o Sphinx também é a melhor maneira de documentação interna (desde que você possa solicitar que seus analistas escrevam reStructuredText) porque:
- Você pode controlar com facilidade os documentos (as diferenças de arquivos de texto ocupam muito, muito menos espaço do que arquivos binários como .doc ou .pdf).
- Se um desenvolvedor deseja um arquivo .doc ou .pdf legível, ele pode criá-lo com o Sphinx a partir das fontes.
Se o Sphinx for muito complicado, existe ainda uma maneira mais fácil: você pode escrever sua documentação no Markdown e usar o Pandoc para criar (por exemplo) arquivos .rtf, .doc ou .pdf (pode fazer muito mais).
Achei o Pandoc mais fácil de iniciar do que o Sphinx, mas o Pandoc não pode criar hierarquias de menu agradáveis, como o Sphinx (como na documentação do Python e do TortoiseHG que eu vinculei acima).
Independentemente das ferramentas usadas, se você possui um servidor web interno e um servidor de construção, é possível configurá-lo para que o servidor de construção gere saída HTML e a copie no servidor da Web sempre que alguém enviar algo à documentação. Para que seus analistas nem precisem pensar na saída final, eles apenas precisam confirmar e promover suas alterações.