Meu projeto foi um plug-in Atlassian JIRA : Java, SQL, alguns modelos Velocity no back-end e alguns gadgets de painel (JavaScript / HTML / CSS) no frond-end. O Atlassian também possui estruturas próprias para os plug-ins, portanto, é útil se um IDE tiver suporte para bibliotecas externas não padrão.
Eu tive uma experiência bastante desagradável com o suporte a JavaScript do Eclipse , ele tem várias falhas com a conclusão e formatação automática de código, especialmente com código complexo (fontes modulares, poucas estruturas usadas etc.). A refatoração nem sempre funciona como pretendido (ou de todo) e quase inútil. Eu ainda não tentei o Aptana Studio.
O NetBeans é um pouco melhor nesse aspecto, mas seu suporte para projetos complexos de código misto (como Java / JavaScript / web / templates etc.) está ausente (talvez eu não tenha tentado o suficiente).
Finalmente, acabei usando o IntelliJ IDEA . É comercial (há 30 dias de teste), mas imbatível em termos de recursos. Análise de código, coloração semântica, refatoração que funciona em vários arquivos de origem (como js, css, html). Apenas tente e você nunca olharia para trás.
PS Eu não sou afiliado ao JetBrains de forma alguma, é apenas a minha opinião pessoal.