O problema aqui é que não há uma definição amplamente aceita do que é design no desenvolvimento de software. Por exemplo, para muitas pessoas, a linha entre design e codificação não pode ser definida de maneira nítida, e alguns veem design e codificação como sendo a mesma coisa:
http://www.developerdotstar.com/mag/articles/reeves_design_main.html
Desse ponto de vista, o custo do projeto é o custo da programação. Outras pessoas pensam que "desenhar alguns diagramas UML" ou "criar algum layout da GUI" é o design - especialmente quando essa tarefa é atribuída a alguns não programadores. Se for esse o caso, pergunte a esses "designers" sobre o esforço deles, e você encontrará facilmente o custo do projeto.
Portanto, primeiro deixe claro como você define o design em sua equipe e se essa tarefa é realizada em sua equipe de alguma forma "separadamente da codificação". Se você não conseguir separar claramente a tarefa de design, não tente separar na forma de custos, isso não fará muito sentido.
EDIT: a partir do seu comentário, você deixou claro que se referia ao design da interface do usuário (apesar de se esquecer de alterar o título enganoso da sua pergunta). No entanto, é necessário definir onde você define a linha entre "design da interface do usuário" e "codificação". O design da interface do usuário é para você "desenhar alguns formulários com lápis e papel"? É o design do comportamento exato da sua interface do usuário da perspectiva de um usuário? É o design de seu funcionamento interno de seus formulários, por exemplo, quando você cria seu aplicativo como uma arquitetura MVP? Com base nisso (e com base nos requisitos do seu aplicativo, é claro), você pode chegar a conclusões diferentes sobre qual pode ser a porcentagem do design da interface do usuário no seu caso.