Sim, o motivo pelo qual o padrão é uma vez por dia é a preocupação de que o aplicativo Web possa ter um vazamento de memória. A maior desvantagem da reciclagem frequente de pools de aplicativos do IIS é que ele causará leitura do web.config, carregamento de montagem e uma recompilação de páginas asp.net e (se você não acredita em pré-compilá-las) atrasos de código. Esse é um processo bastante pesado e não ocorre até a próxima solicitação de página após a reciclagem do pool de aplicativos, diminuindo bastante a velocidade dessa solicitação específica. Agora, o IIS7 possui um módulo que você pode baixar chamado Application Warm Up para ajudar a "lidar" com esse problema.
Pessoalmente, prefiro usar valores máximos baseados em memória, juntamente com o logon no início do aplicativo, em vez de agendar minha reciclagem. Isso permite que eu assuma que meu aplicativo não tem vazamento de memória e que se prove errado quando o pool de aplicativos é reciclado.