Os acessadores no estilo JavaBean provaram ser uma boa combinação para todos os tipos de cenários semelhantes ao cenário original da "ferramenta construtora" em um ponto central: os componentes estão sendo passados e manipulados por contêineres e ferramentas genéricas, bem como pelo código do aplicativo. Em um servidor de aplicativos, você tem componentes de serviço nos quais um contêiner EJB ou Spring adiciona transações e injeções de dependência, modelos de domínio persistentes nos quais um ORM adiciona carregamento lento e detecção de alterações e que podem ser serializados em XML por uma biblioteca sem código específico.
Os acessadores fornecem uma API comum que é muito flexível na maneira como o componente pode ser usado - ele não proíbe uma ordem de operações. Cada chamada do acessador é independente das outras e todas seguem o mesmo padrão, para que você possa adicionar facilmente camadas genéricas que adicionam funcionalidade sem interromper o padrão de uso pretendido.
Por outro lado, as interfaces fluentes costumam ser projetadas para uso único: o objeto é criado, uma cadeia de métodos é chamada que termina com um método que produz um resultado final e o objeto é abandonado. Há muito menos flexibilidade (principalmente nos métodos opcionais) e generosidade, mas essa é exatamente a vantagem: a interface o força a adotar um padrão de uso pretendido, facilitando o uso.
Portanto, o JavaBeans e as interfaces fluentes têm vantagens em diferentes cenários, e o qual você deve usar depende. E você pode até combinar os dois.