A primeira coisa a estabelecer é o que exatamente você precisa fazer para decidir se uma estrutura e / ou MVC (ou outro padrão de design) seria benéfico.
As estruturas existem para fornecer uma plataforma consistente para o desenvolvimento e, ao mesmo tempo, fornecer soluções para requisitos comuns de programação (como interação com o banco de dados, criação e validação de formulários, autenticação do usuário etc.)
Para PHP, pelo menos, o padrão de design MVC / HMVC tende a dominar as estruturas principais disponíveis (por exemplo , Zend , CakePHP , CodeIgniter etc.), mas existem muitos padrões de design diferentes que se poderia usar.
O MVC é tão popular porque oferece uma maneira estabelecida e compreendida de separar a lógica de modelagem e processamento de dados da camada de visualização / apresentação (algo que é considerado desejável para produzir aplicativos robustos e escalonáveis).
É importante observar (e como foi expresso por @Marjan Venema em um comentário à resposta de @ ElYusubov) que MVC, MVP, MVVM e os outros padrões MV x são (pelo menos no princípio) todos os mesmos 'padrões de design'.
Normalmente, padrões de design diferentes servem (muitas vezes sutilmente) a propósitos diferentes e, em vários casos, foram desenvolvidos com um idioma específico em mente. No entanto, um verdadeiro "padrão de design" não é uma regra rígida e rápida para programação e é realmente mais um entendimento filosófico / idealógico de uma implementação de programas e requisitos de design e funções lógicas.
A pesquisa é a melhor maneira de descobrir sobre diferentes princípios e práticas recomendadas de programação, eis alguns links da Wikipedia para você começar:
Na prática, não há nada que o impeça de implementar seu próprio 'padrão', a IMO é a melhor maneira de aprender, para mim, pelo menos eu não entendi completamente o padrão MVC até começar a tentar escrever um site usando-o.
Depois de entender alguns dos conceitos e práticas recomendadas de programação, você pode usá-los para criar seu próprio sistema para resolver os problemas específicos que você está enfrentando e para atender às suas necessidades, independentemente de estar em conformidade com um 'padrão' estabelecido.
Se você não tiver um conjunto específico de problemas a resolver, aprender uma das estruturas comuns é sua melhor aposta.