Eu tenho alguns pensamentos sobre programação em pares.
Para mim, isso é algo que você faz quando está preso a alguma coisa. Nessas ocasiões, pode ser muito eficaz, pode tirar você da rotina. Mas também é cansativo e uma maneira de trabalhar que o programador do tipo estéreo não gosta de fazer mais do que ocasionalmente.
Se você está cavando um buraco, poucas pessoas se importariam em obter ajuda de um colega de trabalho. Mas assim que há criatividade envolvida, as pessoas preferem fazer as coisas do seu jeito, e não do outro. Portanto, a tensão está sempre próxima, a menos que alguém não se importe de um jeito ou de outro ou se o papel de alguém é apenas sugerir claramente.
Onde eu trabalho a programação em pares não é formalizada, mas temos sessões ad hoc e elas geralmente são breves. Não será como "Ei colega, que tal uma programação extrema?" Mais frequentemente, começaria com "Você pode dar uma olhada na minha tela?" e puxando uma cadeira para eles.
Portanto, não acho que a programação em pares seja inoperante ou menos popular, é apenas uma daquelas ferramentas que você não usa com muita frequência porque é dispendiosa e não principalmente porque você tem duas pessoas pagas trabalhando em uma coisa.