Permitam-me que discorde gentilmente da legibilidade. Não, não completamente: um bom código deve ser legível e isso pode ser facilmente alcançado com comentários suficientes.
Mas considero dois tipos de WTF: aqueles em que você se pergunta se o programador foi além da programação 101 e aqueles em que você absolutamente não entende a genialidade do código. Alguns códigos podem parecer muito estranhos no começo, mas na verdade são uma solução muito inventiva para um problema difícil. O segundo não deve contar no medidor WTF e pode ser evitado por comentários.
Código muito legível pode ser muito, muito lento. Uma solução menos legível pode proporcionar muitas melhorias na velocidade. R é um ótimo exemplo de uma linguagem em que isso geralmente é verdade. Gosta-se de evitar loops o máximo possível. Em geral, considero o código mais rápido o melhor, mesmo que seja menos legível. Ou seja, se a melhoria for substancial fora do curso e forem inseridos comentários suficientes para explicar o que o código faz.
Ainda mais, o gerenciamento de memória pode ser crucial em muitas aplicações científicas. Código que é muito legível, tende a ser meio desleixado no uso da memória: há apenas mais objetos criados. Em alguns casos, o uso inteligente da memória torna o código novamente menos legível. Mas se você manipular gigabytes de seqüências de DNA, por exemplo, a memória é um fator crucial. Novamente, considero o código menos intensivo em memória o melhor código, independentemente da legibilidade.
Então, sim, a legibilidade é importante para um bom código. Conheço o adágio de Uwe Liggis: pensar dói e computadores são baratos. Mas no meu campo (genômica estatística), os tempos computacionais de uma semana e o uso de memória acima de 40 Gb não são considerados anormais. Portanto, uma melhoria de duas vezes a velocidade e metade da memória vale muito mais do que esse pouco mais de legibilidade.