Seja pago ou código-fonte aberto
Sempre que um "interesse comercial" decide estabelecer restrições legais, eu absolutamente os faria pagar por esse privilégio. Um NDA é basicamente um pedido que impede você de compartilhar informações internas pertencentes à empresa / projeto. Basicamente, se você falar sobre informações particulares da empresa, elas têm o direito de processar.
É seguro para eles, mas se eles decidirem bloquear o código que você escreveu em um esquema de licenciamento proprietário, não há nada que você possa fazer sobre isso, pois falar sobre os detalhes internos estaria violando a NDA.
Se você ainda não possui o código coberto por uma licença, tente liberá-lo sob uma licença permissiva (ex MIT) que garantirá o seu direito de continuar usando o código que você escreveu no futuro.
O único problema com a aplicação retroativa de uma licença ao código existente é que todo colaborador precisa concordar com os termos da licença, pois suas contribuições individuais têm direitos autorais implícitos para o desenvolvedor que os escreveu.
Pior caso (eles vencem, você perde):
Seu amigo pula a bordo, ele usa seu código e o bloqueia sob um esquema de licenciamento proprietário.
Eles podem legalmente impedi-lo de usar o código que você escreveu em projetos futuros, a menos que você solicite e obtenha provas suficientes de que eles estão usando seu código sem permissão (ou seja, violando seus direitos autorais pessoais).
De qualquer forma, se eles optarem por um esquema de licenciamento proprietário, você deverá ser compensado por seus esforços.
Bom caso (eles perdem, você ganha):
Você define os termos de compensação para o código. Basicamente, eles adquirem direitos para usar o código que você escreveu sem restrições. Nesse ponto, um NDA não importa, porque você perde os direitos de criar o código de qualquer maneira. Apenas não compartilhe publicamente nenhuma informação interna ou corre o risco de ser processado.
Melhor caso (vitória, vitória):
Você libera o projeto sob uma licença do MIT, para que qualquer coisa escrita até agora esteja livre para que todos possam usar e desenvolver (inclusive para fins comerciais). Ele garante que você ainda pode criar o código no futuro, independentemente do que eles o usem. Um NDA ainda não importa, desde que você respeite os termos. Se eles querem seguir uma direção proprietária, são bem-vindos à bifurcação da base de código principal.
Há uma boa chance de que eles estejam apenas tentando proteger seus interesses. Não há nada de errado nisso, mas tome cuidado para não lhes dar o direito legal de te ferrar no futuro, se optarem por seguir um caminho com o qual você não concorda.
Mesmo o software que você escreve pro bono ainda não é gratuito até que você configure uma licença que garanta o uso futuro. A equidade do suor (ou seja, o esforço) sempre mantém valor e, desde que possa ser usada para gerar lucros, sempre haverá alguém procurando obter propriedade sobre os direitos de uso.
Alguns termos também podem depender de onde você mora. Os direitos de propriedade intelectual são um negócio confuso.
Isenção de responsabilidade: IANAL (não sou advogado).