Em termos gerais, um bom design de banco de dados é um bom design de banco de dados - a grande questão para o uso da Web será como você acessa os dados e gerencia coisas que se pode considerar exigir um estado que basicamente a Web não possui.
Pensando nisso, minha abordagem é baseada em muita experiência ... mas, se você começa com um esquema ou objetos, está realmente tentando fazer a mesma coisa, ou seja, constrói um modelo utilizável de seus dados - para um número substancial de Nos projetos, é provável que exista uma relação bastante direta entre modelo e esquema (nem todos os casos e provavelmente não para todas as tabelas / objetos); portanto, é uma questão de construir um modelo decente a partir de onde você estiver confortável e trabalhando a partir daí.
Em termos de construção de um modelo decente - o @Tim o reduz para bancos de dados e, fundamentalmente, a construção de seu modelo de objetos será amplamente semelhante - o que é único, o que é uma hierarquia, onde existem muitos relacionamentos, etc. chegar a um banco de dados, certifique-se de fazer todas as coisas boas.
Além disso, verifique se você possui scripts ou ddl no código para permitir que você crie o esquema do zero e atualize à medida que faz alterações (o ddl no código é o meu método preferido - eu tenho um sistema e funciona).