Atualmente, trabalho em um local em que um formato de código padrão é imposto e o código é formatado automaticamente ao salvar o arquivo, exatamente como você está prestes a fazer. Como um novo membro da empresa, descobri que as regras comuns de formatação me davam uma sensação calorosa e confusa de que "esses caras sabem o que estão fazendo", então eu não poderia estar mais feliz. ;) Como uma observação lateral relacionada, com as regras de formatação comuns, também aplicamos certas configurações de aviso do compilador bastante estritas no Eclipse, com a maioria delas definida como Erro, muitas definidas como Aviso e quase nenhuma definida como Ignorar.
Eu diria que há duas razões principais para impor um formato de código único em um projeto. O primeiro diz respeito ao controle de versão: com todo mundo formatando o código de forma idêntica, todas as alterações nos arquivos são garantidas. Chega de adicionar ou remover um espaço aqui ou ali, e muito menos reformatar um arquivo inteiro como um "efeito colateral" de alterar apenas uma ou duas linhas.
A segunda razão é que isso tira os egos dos programadores da equação. Com todo mundo formatando seu código da mesma maneira, você não pode mais dizer com tanta facilidade quem escreveu o que. O código se torna uma propriedade mais anônima e comum, portanto, ninguém precisa se sentir desconfortável com a alteração do código de "outra pessoa".
Essas são as principais razões, existem outras também. Acho reconfortante não ter que me preocupar em pensar na formatação do código, pois o Eclipse fará isso por mim automaticamente quando eu salvar. É livre de preocupações, como escrever documentos com o LaTeX: é formatado posteriormente e você não precisa se preocupar com isso enquanto escreve. Eu também trabalhei em projetos em que todos tinham seus próprios estilos. Em seguida, você deve pensar em questões estúpidas e sem sentido, como se não há problema em modificar o código de outra pessoa no seu próprio estilo, ou se você deve imitar o estilo deles.
O único argumento contra as configurações comuns de formatação de código que posso pensar para o seu caso é que aparentemente ele é um projeto em andamento, portanto causará muitas alterações desnecessárias em todos os arquivos, alterando o histórico real dos arquivos. O melhor cenário é se você pode começar a aplicar as configurações desde o início de um projeto.