O Google App Engine usa um armazenamento de dados NO-SQL - você deve ler sobre esse conceito e decidir se isso soa adequado às suas necessidades. A partir dessa revisão, parece que esse é o principal problema que o revisor teve com o GAE.
Há uma certa quantidade de dependência do fornecedor com o GAE. Você acaba escrevendo código para atingir um ambiente específico. Você certamente poderia migrar do GAE no futuro, mas provavelmente exigiria pelo menos alguma alteração no código.
Você também deve planejar codificar os recursos de importação / exportação para poder tirar seus dados do GAE e entrar em um novo sistema.
Depois de entender como o GAE difere de um ambiente padrão que você pode configurar se tiver um servidor ou VM de estoque Linux, poderá decidir se ele atende às suas necessidades. Existem algumas vantagens definidas para o GAE, especialmente nas áreas de custo (você não precisa pagar pelo gerenciamento de hardware ou infraestrutura até que seu site seja popular, quando esperamos que ele possa pagar por esses custos). Apenas certifique-se de fazer a devida diligência e pesquisa antes de entrar.