Pessoalmente, não acho que seja uma boa idéia usar um sistema de versão de controle de origem para armazenar os arquivos de backup, porque o controle de versão do GIT foi projetado para arquivos de dados, não para binários ou arquivos de despejo, como um arquivo de despejo de backup do MySQL. O fato de você poder fazer isso não significa automaticamente que você deve fazê-lo. Além disso, seu repositório, considerando um novo backup de banco de dados para cada nova confirmação, aumentará drasticamente, usando muito espaço em disco rígido e o desempenho do GIT será afetado, resultando em um sistema de controle de origem lento. Para mim, é bom executar uma estratégia de backup e sempre ter um arquivo de backup pronto quando você precisar restaurar o banco de dados quando algo no seu código der errado, mas as ferramentas de controle de origem não são feitas para armazenar dados binários.
Por esses motivos, não vejo utilidade em armazenar os arquivos de backup do dia 1 e do dia 2 e depois ver as diferenças entre os dois arquivos de backup. Isso exigirá muito trabalho extra e inútil. Em vez de usar o GIT para armazenar backups do banco de dados quando você confirmar um novo código, armazene os backups do banco de dados em um caminho diferente, separados por data e hora e insira no código alguma referência aos novos backups do banco de dados criados para cada versão, usando as tags, como alguém já sugeriu.
Minha nota final sobre os backups do banco de dados e o GIT: Um administrador de banco de dados, quando ele precisa restaurar um banco de dados porque alguns dados foram perdidos, não precisa verificar as diferenças entre o arquivo de backup do dia 1 e o arquivo de backup do dia 2, ele precisa saber apenas qual é o último arquivo de backup que permitirá restaurar o banco de dados, sem erros e perda de dados, reduzindo o tempo de inatividade. De fato, a tarefa de um administrador de banco de dados é disponibilizar os dados para recuperação o mais rápido possível, quando o sistema, por alguns motivos, falhar. Se você armazena os backups do banco de dados no GIT, vinculados às suas confirmações, não permite que o administrador do banco de dados restaure os dados rapidamente, porque seus backups são limitados a pontos no tempo que você armazenou no repositório GIT e reduzem o tempo de inatividade do sistema,
Então, não recomendo armazenar os backups usando o GIT, use uma boa solução de software de backup (existem alguns aqui ), que fornecerá mais granularidade e permitirá manter seus dados seguros e protegidos recuperação de dados simples e rápida em caso de desastres.