Não, não é verdade. O autor está configurando seus leitores para confusão e incentivando a programação de cultos de carga que evita uma diferença estrutural muito poderosa entre a sintaxe padrão e essa variante mais antiga que ele prefere. Especificamente, uma cláusula WHERE desorganizada torna mais difícil descobrir o que torna sua consulta especial.
Seu exemplo leva um leitor a gerar um mapa mental de seu significado, que tem uma enorme quantidade de confusão.
SELECT pet.id, pet.name, pet.age, pet.dead
FROM pet, person_pet, person
WHERE
pet.id = person_pet.pet_id AND
person_pet.person_id = person.id AND
person.first_name = "Zed";
Aproximadamente, o acima é:
Obtenha o ID do animal de estimação, NAME, AGE e DEAD para todos os animais de estimação, person_pet e pessoas em que o ID do animal coincide com o pet_id de um person_pet, e o person_id desse registro coincide com o person_id de uma pessoa cujo FIRST_NAME é "Zed"
Com um mapa mental como esse, o leitor (que está escrevendo o SQL manualmente por algum motivo) pode cometer um erro muito fácil, possivelmente omitindo uma ou mais tabelas. E um leitor de código escrito dessa maneira terá que trabalhar mais para descobrir exatamente o que o autor do SQL está tentando fazer. ("Mais difícil" está no nível de leitura de SQL com ou sem destaque de sintaxe, mas ainda é uma diferença maior que zero.)
Há uma razão pela qual o JOIN é comum, e é o velho clássico "separação de preocupações". Especificamente, para uma consulta SQL, há um bom motivo para separar como os dados são estruturados e como os dados são filtrados.
Se a consulta for escrita mais limpa, como
SELECT pet.id, pet.name, pet.age
FROM pet
JOIN person_pet ON pet.id = person_pet.pet_id
JOIN person ON person.id = person_pet.person_id
WHERE
person.first_name = "Zed";
Então o leitor tem uma distinção mais clara entre os componentes do que está sendo solicitado. O filtro distintivo dessa consulta é separado de como seus componentes se relacionam entre si, e os componentes necessários de cada relação estão diretamente próximos ao local em que são necessários.
Obviamente, qualquer sistema de banco de dados moderno não deve ver uma diferença significativa entre os dois estilos. Mas se o desempenho do banco de dados fosse a única consideração, a consulta SQL também não teria espaço em branco ou capitalização.