Agora isso parecia perturbadoramente familiar. Até a minimização dos tokens, embora não seja levada ao extremo. Prefiro usar fname do que filename, por exemplo, para saída, x para a entrada de dados, n para contagens, l para comprimentos e assim por diante. lx seria comprimento de x, ly comprimento de y, ... você entendeu.
Além disso, como muitas vezes manipulo grandes conjuntos de dados em aplicativos científicos, uso muito os recursos de índice em R. Quando escrevo todos esses índices, o código fere meus olhos. Então, o índice se torna id, ou mesmo apenas i.
Ainda mais, as estruturas de loop específicas em R (a família apply) geralmente exigem declaração de função na chamada apply. Nesses casos, eu sempre uso x, y, z, ... Essas funções costumam ser uma ou duas linhas, portanto fica claro de onde vem e não atrapalha a tela.
Não é uma coisa ruim, desde que você tenha algumas convenções de nomenclatura coerentes com o código completo e forneça comentários para explicar os nomes de variáveis mais obscuros. No final, torna o código mais legível para mim do que um longo trem de camelos mancando pela tela.