Uma desvantagem é que, ao emparelhar, você não pode trocar o teclado entre você com a mesma fluência. Entre os IDEs convencionais, isso provavelmente não é um problema enorme, mas se uma pessoa estiver acostumada ao Eclipse enquanto a outra estiver acostumada a vim, haverá uma incompatibilidade. O usuário do Eclipse pode muito bem ser incapaz de usar o vim, enquanto o usuário do vim (sou eu;) passa muito tempo xingando baixinho com a horrível lentidão do uso do Eclipse de baunilha.
Dito isto, ainda prefiro usar o vim. Desde que seu par esteja satisfeito com apenas um de vocês "dirigindo" por longos períodos, ele funciona bem.
E eu sei que existem plugins para fazer o Eclipse funcionar como o vi, mas estou falando de emparelhamento onde eu vou e sento com alguém que tem o Eclipse trabalhando como eles gostam, para que eles não estejam instalando esse plug-in.