Geralmente analiso dados de experimentos e, embora tenha um esquema geral de etapas que preciso executar, talvez seja necessário ajustá-lo às especificidades dos experimentos ou às perguntas por trás. Eu sou geralmente o único código.
Eu olhei a wikipedia, mas não tenho certeza de qual metodologia posso usar, em parte porque nunca segui nenhuma, e em parte porque às vezes apenas exploro os dados, para ver como eles são, e outras vezes só quero uma resposta. (E porque não tenho muita expectativa de testar ou ter uma certa qualidade no meu código)
Fui solicitado a fazer essa pergunta depois de uma ou duas horas descobrindo que a função r tabledepende da ordem dos vetores e não do nome dos elementos com os quais compará-los. Então, pensei que deveria ter testado o comportamento e as funções em que usei com alguns dados simulados. Mas eu usei a tabela após outras análises resultarem em falta de informações, portanto não poderia ter seguido a metodologia de desenvolvimento orientada a testes (se entendi direito). No entanto, sinto que, com algumas melhorias na maneira como encaro o projeto, poderia ser mais eficiente, além de detectar erros mais cedo, mas também como e o que procurar, caso duvide de um resultado, por isso, não se concentre apenas em este exemplo de erro.
Qual metodologia de software se encaixa melhor na pesquisa?
Estou basicamente perguntando como garantir a qualidade e o progresso programado, além de manter a especificidade da pesquisa.
Exemplo de como eu trabalho:
Um biólogo tem em mente uma pergunta e sabe que fazer um experimento levará a ter dados de interesse (ou seja, níveis de expressões gênicas em duas condições), então ele / ela define o experimento e lembra amostras de 10 pessoas / camundongos / ratos. Agora, devo analisar esses dados para essas 10 amostras usando bibliotecas e testes existentes (ou implementando novos testes), mas levando em consideração a pergunta que o biólogo tinha em mente (ou seja, quais genes são mais expressos em uma condição do que em outra). A estrutura é a mesma de experimentos anteriores (que envolveu 6 condições e outro animal), mas o teste estatístico, normalizações e estrutura de dados podem mudar. Normalmente, copio uma versão anterior e a adapto às necessidades atuais.