Provavelmente, isso começou quando a Microsoft criou a biblioteca da API da Web do ASP.NET, pelo menos é quando eu lembro se não me engano. De qualquer forma, desde então, seus pacotes HTTP começaram a depender da biblioteca Newtonsoft.Json para serialização (des) de dados de e para JSON.
Por que uma empresa tão grande quanto a Microsoft adicionaria uma dependência a uma biblioteca de código aberto? Acho estranho, mesmo que eles fossem totalmente de código aberto com o .NET naquela época, porque, até onde eu sei, foi a única biblioteca que não é da Microsoft usada como dependência.
Como uma questão bônus, James Newton-King recebe algum apoio financeiro da Microsoft?