Sim, acho uma má ideia. Não me interpretem mal, o motivo para isso parece ótimo, mas o resultado ainda pode ser horrível.
Você terá conflitos de mesclagem ao puxar um galho rastreado. Pelo menos, acho que seria esse o caso, posso estar errado.
Não quero testá-lo agora no trabalho, mas você mesmo deve tentar.
Na verdade, você pode apenas conferir um commit recente. Faça uma nova ramificação, cometa algo mesquinho, escolha cereja ou mescla sem confirmação automática.
Em seguida, execute seu script, puxe e se o resultado for uma bagunça horrível de mesclagem, você definitivamente não deve fazer isso à luz do dia.
Em vez disso, você pode colocá-lo em uma compilação noturna ou semanal.
Mas mesmo uma noite pode ser uma má ideia.
Você pode executá-lo semanalmente, quando tiver certeza de que não ocorrerão conflitos de mesclagem, pois tudo está concluído na segunda-feira.
Caso contrário, execute-o 1-2 vezes por ano nas férias, quando não ocorrerão conflitos de mesclagem.
Mas a solução pode depender da sua prioridade para o estilo do código.
Eu acho que fazer um script de instalação que crie automaticamente o repositório git e ajuste os ganchos para o projeto seria melhor.
Ou você pode incluir o script de configuração do gancho em uma pasta para seus desenvolvedores no projeto e simplesmente verificá-lo no próprio git.