Os datastores orientados a documentos (também conhecidos como NoSql) são muito populares atualmente:
http://en.wikipedia.org/wiki/Document-oriented_database
Não há razão para que você não possa empregar um esquema orientado a documentos em um banco de dados relacional. Você pode não ter todos os mesmos benefícios em comparação com algo como o Mongo, mas também não terá os inconvenientes.
Por um longo tempo, se você quisesse usar o armazenamento orientado a documentos, sua única opção seria colocar dados estruturados (como XML) em uma grande coluna. Os bancos de dados relacionais adicionaram recursos como indexação e correspondência para dar suporte a isso.
Compare isso com o Mongo, onde eles só aparecem no banco de dados de documentos. Mas esse é outro tópico.
EDIT: a idéia central do documento é: você retira os dados, manipula e empurra-os de volta. Às vezes, como quando você está transmitindo o documento para o cliente, você só quer enviar a coisa toda como um blob e deixá-lo lidar com isso. O benefício (e a desvantagem) é a flexibilidade. A validação e a correção do documento são feitas fora do banco de dados.
EDIT EDIT: Outro contraste. Imagine salvar imagens JPG ou documentos do Word em uma coluna do banco de dados.