Não vejo por que não. Desde que você passe no exame, você deve ser certificado. Dito isto, o exame PE não é como obter um MCSE ou SCJD, é um exame profissional sério com alguns requisitos pesados. Coisas como:
- Você precisa de um diploma em engenharia de uma universidade credenciada
- Você precisa da sua certificação EIT (Engineer In Training)
- Você precisa de experiência verificada (geralmente de 2 a 4 anos) como engenheiro de trabalho
Se tudo o que você tem é um diploma de CS, você não chegará nem perto de obter seu EF sem um trabalho sério. OTOH, se você obteve um EE de uma boa escola e já possui seu EIT, não é razoável esperar que você seja elegível para fazer o exame. Vale a pena conferir com o conselho de licenciamento do seu estado, de qualquer maneira. Como outros já mencionaram, a engenharia de software não é vista como uma disciplina de engenharia "real"; portanto, é melhor você aplicar como engenheiro elétrico ou mecânico (o que estiver em seu diploma).