Como outros já disseram, é bom ser mais rápido no seu IDE do que sem ele, esse é o ponto. Ser capaz de usar ferramentas complexas corretamente para aumentar sua produtividade é uma habilidade importante.
No entanto, a dependência excessiva de IDEs pode causar problemas. As habilidades e conhecimentos que você não exercita mais desaparecerão, e sua compreensão de alguns aspectos pode ser superficial. Um exemplo clássico é compilar e executar na linha de comando - quase toda vez que faço isso, recebo algo errado (geralmente relacionado ao caminho da classe), porque 99% das vezes deixo o Eclipse fazer isso por mim.
Isso não afeta apenas quando você está fora do IDE - se o seu conhecimento das complexidades que o IDE está ocultando é superficial, então quando ele dá errado (e vai dar errado, em algum momento), você encontrará muito mais difícil de consertar.
Eu trato disso de duas maneiras:
Aprenda novas ferramentas em sua forma mais básica. Por exemplo, mudei de SVN para Mercurial, mas comecei com o cliente de linha de comando e não com o plug-in Eclipse. Isso fez com que eu entendesse muito mais profundamente o que estava acontecendo, o que significava que eu sabia o que estava acontecendo de errado e como corrigi-lo quando o IDE gerou erros.
Pratique suas habilidades básicas de codificação na linha de comando. Um bom lugar para fazer isso é o CodingBat, onde você não obtém realce de sintaxe, sem correspondência de colchetes, sem sublinhados vermelhos, nada. Mas não se esqueça de praticar também essas habilidades de linha de comando java e javac! (E qualquer outro apropriado ao seu fluxo de trabalho - para mim, isso também incluiria hg e ant)
Por fim, não se preocupe muito com isso. É improvável que você precise realizar um grande trabalho sem o NetBeans ou o Eclipse, desde que você seja capaz de codificar sem eles e entenda o que o IDE está fazendo por você, não importa que você ' fique mais lento ou cometa mais erros sem ele.