Discussões difíceis às vezes são um efeito colateral da programação em pares, mas isso nem sempre é uma coisa ruim. Como a discussão sobre qual abordagem adotar significa que você está pensando no código antes de escrevê-lo e tem mais de um par de olhos nele.
Retirado de: http://wundasworld.blogspot.com/2007/11/joy-of-pair-programming.html :
A situação ideal de emparelhamento requer que ambas as pessoas sejam desenvolvedores especialistas. Eles precisam estar abertos à ideia da outra pessoa. E, neste caso (desenvolvedores especializados com opiniões boas e fortes), é provável que traga dor.
No entanto, "guerras religiosas", se ocorrerem, aparecerão em uma revisão de código ou em outro lugar, se não surgirem programas em pares. Evitar discussões improdutivas é algo que deve ser identificado e evitado em qualquer aspecto da programação. A principal maneira de evitá-lo emparelhar a programação é se concentrar em concluir o trabalho, aprender a escolher soluções que atendam a várias preocupações e aprender a desistir quando uma escolha não vale o tempo necessário para discutir sobre ela.