Qualquer que seja o ISA, C não é específico do ISA. Suponho que você não esteja se referindo ao slot agora obsoleto para placas de extensão para PC.
Existem compiladores C compatíveis com os padrões para muitas plataformas e, desde que você use recursos de linguagem totalmente definidos no seu código-fonte, poderá compilá-lo em qualquer compilador C para qualquer plataforma.
No entanto, um problema é que o padrão C deixa muitos comportamentos de recursos como implementação definida ou como comportamento indefinido. Isso é feito para tornar a linguagem C geralmente mais útil para programação de baixo nível, evitando casos em que algum comportamento definido com precisão é uma correspondência ruim para o que o hardware suporta em alguma plataforma. No entanto, torna um pouco mais difícil escrever programas portáteis.
Além disso, diferentemente de algumas linguagens, o C não é fornecido com uma enorme biblioteca do tipo que Java ou C # fornece. Você pode obter bibliotecas muito portáteis para fazer praticamente qualquer coisa, mas precisa trabalhar para construí-las e fazê-las funcionar juntas.
C tem uma biblioteca padrão, é claro, mas seu escopo é relativamente limitado em comparação com Java, C #, Python, etc.