Vejo muitas respostas para isso que se baseiam nos sentimentos que o autor teve ao ouvir sobre um ou outro SCM. Outros dizem que tudo foi pura sorte. Eu acredito que a sorte pode ser rastreada na história.
Eu vou falar sobre história.
Git e Mercurial foram criados simultaneamente para resolver o mesmo problema. Naquela época, o kernel do Linux era forçado a parar de usar o BitKeeper , um SCM distribuído proprietário que vinha usando há 3 anos. A razão para isso foi que Larry McVoy, CEO da BitMover, a empresa por trás do BitKeeper, parou de distribuir seu software gratuitamente para desenvolvedores de Linux, porque alguém da comunidade Linux fez a engenharia reversa.
Linus Torvalds, insatisfeito com o que já existia, subseqüentemente começou a trabalhar em um novo SCM que ele logo chamaria de Git. Logo depois, Matt Mackall iniciou o projeto Mercurial por razões semelhantes.
Depois de algum tempo desenvolvendo esses projetos separadamente, Matt Mackall apresentou uma versão avançada de seu SCM e a comparou de uma certa maneira, comparando-a com o Git (que tinha apenas algumas semanas). Linus considerou usá-lo em vez do Git para o desenvolvimento do Kernel, mas abandonou a idéia quando percebeu que o Mercurial estava usando o Changesets para registrar modificações de revisão . Ele temia que isso estivesse muito próximo do funcionamento do BitKeeper, e certamente não queria nada que pudesse fazer alguém dizer: "Eles criaram um clone do BitKeeper".
Portanto, o Git foi usado para o desenvolvimento do Kernel em vez do Mercurial, mas ambos eram tecnicamente relevantes. O resultado final é que o Git começou sendo realmente usado onde foi projetado para ser usado, enquanto o Mercurial não foi tão rápido em encontrar seu primeiro grande uso de software livre. Por ter um design muito bom e, graças à perseverança de Matt Mackall, tornou-se famoso e se acostumou a grandes projetos do mundo real.
Hoje, eles são famosos. Qual é o mais famoso é impossível dizer. O Google Code integrou apenas o Git recentemente, enquanto ele possuía o Mercurial por um longo tempo. Muitos projetos realmente grandes e famosos também usam.
Acho que o que quero dizer é que, quando a própria razão pela qual você iniciou um projeto desaparece, é mais difícil obter popularidade, mas ainda possível.
Bazaar é outro SCM que é muito famoso no mundo GNU, mas não muito fora disso, porque foi construído com a intenção de satisfazer a comunidade GNU. O software costuma ir aonde seus criadores desejam ir, e não mais.
Por outro lado, os SCMs distribuídos são vencedores claros. Não vejo muitos SCMs não distribuídos amplamente utilizados por aí.