Até onde eu sei, as Redes Bayesianas não afirmam ser capazes de estimar efeitos causais em gráficos acíclicos não direcionados, enquanto o SEM faz isso. Essa é uma generalização a favor do SEM ... se você acredita.
Um exemplo disso pode ser medir o declínio cognitivo entre pessoas em que a cognição é um efeito latente estimado usando um instrumento de pesquisa como o 3MSE, mas algumas pessoas podem diminuir a cognição em função do uso de analgésicos. Seus remédios para dor podem ter sido uma conseqüência de se machucar devido ao declínio cognitivo (queda, por exemplo). E assim, em uma análise transversal, você veria um gráfico que tem uma forma circular. Os analistas de SEM gostam de lidar com problemas como esse. Eu dirijo claro.
No mundo da rede Bayes, você tem métodos muito gerais para avaliar a independência / dependência condicional dos nós. Pode-se usar uma abordagem totalmente paramétrica com qualquer número de distribuições, ou seguir as abordagens não paramétricas bayesianas de que já ouvi falar. O SEM estimado usando ML é (geralmente) considerado normal, o que significa que a independência condicional é equivalente a ter covariância zero para 2 nós no gráfico. Pessoalmente, acredito que essa é uma suposição bastante forte e teria muito pouca robustez para modelar erros de especificação.