Uma razão muito provável para duas variáveis serem correlacionadas é que suas alterações estão vinculadas a uma terceira variável. Outras razões prováveis são o acaso (se você testar variáveis não correlacionadas suficientes para correlação, algumas mostrarão correlação) ou mecanismos muito complexos que envolvem várias etapas.
Veja http://tylervigen.com/ para exemplos como este:
Para declarar com segurança a causa de A -> B, você precisa de um experimento em que possa controlar a variável A e não influenciar as outras variáveis. Então você mede se a correlação de A e B ainda existe se você alterar sua variável.
Para quase todas as aplicações práticas, quase não é possível não influenciar outras variáveis (geralmente desconhecidas), portanto, o melhor que podemos fazer é provar a ausência de causalidade.
Para poder declarar um relacionamento causal, você começa com a hipótese de que 2 variáveis têm um relacionamento causal, usa um experimento para refutar a hipótese e, se falhar, pode afirmar com um certo grau de certeza que a hipótese é verdadeira. Quão alto deve ser o seu grau de certeza depende do seu campo de pesquisa.
Em muitos campos, é comum ou necessário executar 2 partes de seu experimento em paralelo, um onde a variável A é alterada e um grupo de controle em que a variável A não é alterada, mas o experimento é exatamente o mesmo - por exemplo, no caso de remédio, você ainda cola os objetos com uma agulha ou os engole. Se o experimento mostrar correlação entre A e B, mas não entre A e B '(B do grupo controle), você poderá assumir a causa.
Existem também outras maneiras de concluir a causalidade, se um experimento não for possível ou desaconselhável por várias razões (moral, ética, RP, custo, tempo). Uma maneira comum é usar dedução. Tomando um exemplo de um comentário: para provar que fumar causa câncer em humanos, podemos usar um experimento para provar que fumar causa câncer em ratos, depois provar que existe uma correlação entre fumar e câncer em humanos e deduzir que, portanto, é extremamente provável que o tabagismo cause câncer em humanos - essa prova pode ser reforçada se também provarmos que o câncer causa tabagismo. Outra maneira de concluir a causalidade é a exclusão de outras causas da correlação, deixando a causalidade como a melhor explicação restante da correlação - esse método nem sempre é aplicável, porque às vezes é impossível eliminar todas as causas possíveis da correlação (chamadas "caminhos da porta dos fundos" em outra resposta). No exemplo do tabagismo / câncer, provavelmente poderíamos usar essa abordagem para provar que o tabagismo é responsável pelo alcatrão nos pulmões, porque não existem muitas fontes possíveis para isso.
Essas outras formas de "provar" a causalidade nem sempre são ideais do ponto de vista científico, porque não são tão conclusivas quanto um experimento mais simples. O debate sobre o aquecimento global é um ótimo exemplo para mostrar como é muito mais fácil descartar uma causa que ainda não foi comprovada conclusivamente com um experimento repetível.
Para alívio cômico, eis um exemplo de um experimento tecnicamente plausível, mas não aconselhável devido a razões não científicas (moral, ética, relações públicas, custo):